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四步搞定调控性ncRNA研究方案
【医药加金牌讲师孙老师经验总结】
circRNA、lncRNA、miRNA等调控性ncRNA可通过与protein、RNA或DNA分子互作,发挥其多样化的调控功能。如何搞定调控性ncRNA研究方案?----四步足以。
第一步 确定ncRNA研究目标
一般可通过以下三种方法,确定研究目标:(1)通过查阅文献,寻找线索,嫁接研究对象,照猫画虎;(2)通过生物信息学,分析挖掘GEO、TCGA等数据库相关数据,发现潜在研究目标;(3)通过RNA测序、基因芯片等高通量筛查,获得大量一手原创数据,从中自由选择研究目标。
第二步 快速论证ncRNA调控功能
一般在细胞水平,通过gain/loss of function干预第一步确定的ncRNA,使用Western Blot等方法检测所关注生物学过程(如自噬、凋亡、增殖、迁移等)的相关marker,论证ncRNA的调控功能。
第三步 揭示ncRNA调控作用的分子机制
首先,确定ncRNA的亚细胞定位。然后,通过targetscan、catrapid、RNAhybrid、lncbase等生物信息学分析工具,预测与ncRNA互作的RNA、protein或DNA;或者,通过gain/loss of function干预ncRNA,再进行RNA测序、基因芯片或蛋白质质谱,筛查ncRNA调控的靶分子。继而,采用RNA pull down、RIP、ChIP、ChIRP、EMSA、Reporter gene assay等技术,论证ncRNA-protein、ncRNA-RNA或ncRNA-DNA互作关系。
第四步 动物水平或临床水平验证
【医药加金牌学习班推荐下面两个班】
上海5.25-26号召开:2019全国非编码RNA数据分析与设计学习班
上海6.1-2号召开:第31期非编码RNA与外泌体研究策略与基金申请学习班
导语:2017-2018年,医药加金牌学习班已经在全国举办了几百期学习班,已经培训出4000+学员,许多学员通过医药加精品课程的学习,快速发表了sci文章或者拿到了国自然等项目基金。医药加学习班深受学员们的热烈欢迎,主讲老师的专业水平与实操能力,也让学员们绝口称赞。
新学员转发本文朋友圈可以减免100元学费,老学员转发朋友圈,可减免300元学费。
●学习班简介●培训目的非编码RNA(miRNA、lncRNA、circRNA等)是生物医药领域非常重要的一种调控分子。众所周知,非编码RNA虽然不参与蛋白编码不能直接行使功能,但是它可以通过多样化的调控方式参与众多的通路和生物过程。目前,非编码RNA的研究是主流的创新研究思路,也是国家自然科学基金等鼓励申报的重要领域。因此,我们研究设计了这次非编码RNA分析与设计培训班,通过集中和系统的学习,可以掌握非编码RNA分析与设计相关的数据库、在线工具、本地软件的使用以及非编码RNA的创新思路设计。
如果您是从事医学、动物、植物学等生物学方向的科研工作者(学术),无需有工具操作和编程语言基础,都可以来参加本次培训班。
通过整整两天的培训,掌握非编码RNA相关数据库/工具的使用、分析思路和实用操作知识点,设计贴合自身研究课题的方案。
时间安排 | 课程表 | 介绍 | |
第一天 | 9:00~10:20 | 基础简介 | 生物信息介绍 非编码RNA的机制、调控模式(miRNA、lncRNA与circRNA) 非编码RNA的创新文献解读(含miRNA、lncRNA和circRNA) |
10:40~12:00 | 数据库简介 | NCBI GEO数据库解读 miRNA 注释数据库(注释及序列下载) lncRNA注释数据库(注释及名称转换) circRNA注释数据库 | |
13:30~15:00 | miRNA分析 | miRNA-seq高通量测序解读 (1) 差异miRNA分析 (2) miRNA-mRNA数据库(验证和预测结果) (3) miRNA与靶基因结合位点(MRE)分析(4) VENN图分析 (5) 癌症的miRNA预后分析 | |
15:20~17:00 | lncRNA分析 | lncRNA-seq高通量测序解读 (1) miRNA-lncRNA数据库 (2) lncRNA-target分析 (3) lncRNA参与的ceRNA分析 | |
第二天 | 9:00~10:20 | circRNA分析 | circRNA-seq高通量测序解读 (1) miRNA-circRNA数据库 (2) circRNA参与ceRNA的分析 |
10:40~12:00 | ceRNA分析 | ceRNA(竞争性内源RNA)的机制 ceRNA关系对分析 ceRNA网络构建 | |
13:30~15:00 | 功能富集分析 | lncRNA-mRNA共表达分析 miRNA功能分析(GO和pathway富集) lncRNA功能分析(GO和pathway富集) circRNA功能分析(GO和pathway富集) | |
15:20~16:30 | 研究思路 | miRNA高通量数据分析的创新思路 lncRNA高通量数据分析的常见思路 circRNA高通量数据分析的常见思路 |
示例图 高通量数据处理与VENN分析图
示例图 ceRNA网络图
示例图 非编码RNA调控网络及功能富集分析(pathway)
科研成果:参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建;完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向:有近十年的生信分析经验,擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等,精通perl、R等编程语言。
培训经历:在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有:医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。
培训方向:《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》、《TCGA/GEO生信高通量数据挖掘》、《非编码RNA分析与设计》等。
2019/05/25-26 (24日报到) 上海中兴和泰酒店
培训地点:上海市浦东新区科苑路866号
住宿推荐:推荐中兴和泰酒店 500元/天 费用自理(可就近预定其他酒店)
预定电话:可自行预定,或者请在报名表中注明日期和房型要求
培训费用2800元/人 ,注册费包含会场、教材、专家讲课费等费用,不含住宿费。
优惠政策:
1. 提前转账可以提前拿到学习资料。
2. 三人组团报名,每人可优惠100元每人。
3. 四人组团报名,每人可优惠200元每人。
4. 五人组团报名缴费,额外带一人免费注册。
5. 参加免注册费复听的老学员,仅需缴纳500元服务费。
6. 参加过医药加非编码RNA或数据挖掘班的学员可以享受1000元的优惠。
●报名咨询●培训主办方主办方:医药加科研培训中心
承办方:上海循掘生物科技中心
注意事项:携带windows系统的电脑,苹果电脑请务必提前做好双系统。现场不得录音录像。
报名咨询金老师:18917745941(微信同号)
王老师:13818765978(微信同号)
在线预约登记报名:
上海6.1-2号召开:第31期非编码RNA与外泌体研究策略与基金申请学习班
- END-
5.31-6.2 | 上海中兴和泰酒店 | 第42期循证医学与meta分析(含网状meta分析)三天精讲学习班 |
5.25-27 | 上海中兴和泰酒店 | 第13期基因编辑技术学习班 |
5.25-26 | 上海中兴和泰酒店 | 蛋白质组学实验设计与数据分析学习班 |
5.25-26 | 上海中兴和泰酒店 | 全国非编码RNA数据分析与设计学习班 |
5.25-26 | 上海中兴和泰酒店 | 第4期全国临床预测模型构建与基于R语言统计分析学习班 |
6.1-2号 | 上海中兴和泰酒店 | 非编码RNA如何学才能避免走很多弯路? 这里有答案! |
6.1-2 | 上海中兴和泰酒店 | 第11期医学SCI论文写作及发表技巧学习班 |
6.13-14 | 北京金泰绿洲大酒店 | 第15期测序与芯片高通量数据挖掘学习班 |
6.15-16 | 北京金泰绿洲大酒店 | 全国第10期临床研究设计学习班 |
6.15-16 | 北京金泰绿洲大酒店 | 第10期中药网络药理学的研究策略与实用技能研讨班 |
6.15-16 | 北京金泰绿洲大酒店 | 第7期肠道菌群与代谢组学课题设计及研究策略专题学习班 |
6.29-30 | 北京金泰绿洲大酒店 | 第12期医学SCI论文写作及发表技巧学习班 |
6.29-30 | 北京金泰绿洲大酒店 | 2019全国科研作图高级学习班 |
6.29-30 | 北京金泰绿洲大酒店 | 第32期非编码RNA与外泌体研究策略与基金申请学习班 |
6.28-30 | 北京金泰绿洲大酒店 | 第43期循证医学与meta分析(含网状meta分析)三天精讲学习班 |
6.29-30 | 上海中兴和泰酒店 | TCGA/GEO高通量公共数据库挖掘学习班 |
2017-2018年,医药加金牌学习班已经培训出4000+学员,许多学员通过医药加精品课程的学习,快速发表了sci文章或者拿到了国自然、省自然等项目基金。现医药加平台为了让更多的医药加学员们可以全年获得优质的线下精品课程;让学员们的SCI文章能更快发表;同时最大限度帮助广大医药加的学员提高科研创新能力,
现特意推出:【必发SCI文章VIP年卡会员服务套餐】
希望能给更多的学员带去更多的福利。
必发SCI文章vip年卡会员福利
1. 购卡一年内,持卡人可以享有选择参加所有医药加线下学习班(除了国自然撰写与冲刺班)的权利。
2. 本年卡,可指定三人在一年内轮流使用,每次开班来一人参加。
3. 为SCI文章的发表,享有一次价值5000元生信高级分析服务的权利。
4. 为SCI文章的发表,享有一次价值1000元SCI文章评估服务。
5. 相关学习班的讲师可提供在线咨询指导。
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